判定

抗原は抗体と補い合うような語で、抗体が抗原に結合する機能によって定義されるのと同じように、抗原は抗体に結合する機能によって定義される。抗体に結合することができる抗原の性質を抗原性と呼ぶ。多くの場合、抗原は抗体を誘導する物質、免疫原、と同一であるが、抗原の中には既存の抗体に反応するけれども、生体内であらたな抗体を誘導しない物質も含まれている。このように抗原性を持つが免疫原性を持たない物質の中で特に低分子物質をハプテンと呼ぶ。ハプテンは低分子であるため、抗体の誘導に必要なT細胞を活性化する構造を持っていない。

さらに、癌（がん）の表面には癌特異的な癌抗原が存在し、癌抗原をターゲットにした免疫療法として癌ワクチン療法などが癌治療に応用されている。

また、免疫細胞の持つ主要組織適合抗原（MHC、人間のものは特にHLAと呼ぶ）は自己と他者の認識を司る重要なセンサーであり、HLAの型（白血球型）は臓器移植、特に骨髄移植の際に適合させる必要がある。